Fructus cynosbati
Foto č. 87: Fructus cynosbati (Otevřít v novém okně), Autor: , Datum:
Zde se nacházíte: Karolinas.net » Doma » » Novartis kampus: Kvantifikace ve zobrazovací hmotnostní spektrometrii

Novartis kampus: Kvantifikace ve zobrazovací hmotnostní spektrometrii

šipka - arrow Zpět na článkyPřidáno Ne 16. Prosinec 2012, 21:03  |  Počet zobrazení článku 14573x  |  Komentáře Komentáře (1x)  |  Článek s fotogalerií
Rubrika: Věda  |  Seriál: My Journey to PhD
Mass spectrometry imaging - on the left rat dosed with a pharma compound, on the right a vehicle ratPrvní dva týdny v prosinci jsem měla možnost vyzkoušet si práci v laboratořích jedné z nejúspěšnějších farmaceutických společností v Evropě. Kampus Novartis jsem navštívila ze dvou hlavních důvodů: jednak jsem se chtěla naučit aktuálně používané přístupy kvantifikace ve zobrazovací hmotnostní spektrometrii, jednak jsem chtěla poznat industriální farmaceutický výzkum.

Pracovala jsme v laboratoři Markuse Stoeckliho ve skupině pro zobrazovací hmotnostní spektrometrii (mass spectrometry imaging, MSI, v textu někdy jenom "imaging"). Markus spolupracoval s Richardem Capriolim "otcem MALDI imagingu" v samotných počátcích vývoje této zobrazovací metody. Jeho skupina má tedy s technikou velmi bohaté zkušenosti a navíc je jedna z mála těch, které v současné době zkouší i kvantifikační imaging.

Jak mohou čtenáři mého blogu vědět, jsem PhD student Farmaceutické analýzy na Univerzitě Karlově, toho času na dlouhodobé stáži ve FOM Institute AMOLF v Amsterdamu. Zatímco doma se věnuji převážně LC/MS - vývoji metod pro kvantifikaci farma sloučenin, v AMOLFu pracuji na projektech zobrazovací hmotnostní spektrometrie. Protože pro farmacii jsem vždycky měla slabost a protože kvantifikace v imagingu je ideální most mezi oběma výzkumnými oblastmi, stal se Novartis perkfetním místem ke studiu.

Ke stáži jsem se dostala pomocí evropské organizace COST. Více o ni píši v jiném článku. Jak stáž probíhala shrnuji v článku následujícím.

První tři dny jsem se učila pracovat s přístroji (pro znalce - FlashQuant 4000 s 1kH laserem se stal mým oblíbencem). Na vzorcích přímo od Novartisu jsem se naučila celý postup vývoje kvantifikační metody a také její vyhodnocení. První experimenty jsem prováděla s řezy celých těl krys (whole body tissue sections). Krysám byla podána látka a hodinu po její aplikaci byly usmrceny. Z řezů skrz jejich tělo jsme pak pomocí MSI sledovali, do jakých orgánů se látka dostala. Po zkonstruování kalibrační křivky (tedy odezvy signálu na koncentraci sloučeniny), kterou jsme nanesli na destičku vedle řezu, jsme mohli sloučeninu i kvantifikovat. Tedy určit její koncentraci v tom kterém orgánu.

Na tomto místě je však nutné zmínit, že spolehlivost (tedy vědecky korektně správnost a přesnost) MS imagingu není příliš vysoká. Jinými slovy v současnosti existují stále lepší metody jak koncentraci látek v jednotlivých orgánech určit (kapalinová chromatografie - LC nebo autoradiografie). MSI mám ovšem několik výhod oproti zmíněným metodám.

Především můžeme vedle koncentrace zároveň určit i distribuci sloučeniny. V okamžiku, kdy použijeme LC, ztrácíme prostorovou informaci. LC je také časově mnohem náročnější. Zatímco MSI vyžaduje pouze minimální úpravu vzorku, příprava vzorku pro kapalinovou chromatografii, je mnohdy velmi zdlouhavá. V kontrastu s autoradiografíí má MSI zase výhodu v tom, že dokáže rozlišit mezi původní látkou a jejím metabolitem. To je velmi důležité, protože někdy se může toxický metabolit hromadit třeba v ledvinách a způsobit velké potíže.

Img

Na tomto obrázku vidíte krysu (vlevo přední část, vpravo zadní část). Čím je místo na obrázku bělejší, tím více monitorované sloučeniny se tam nachází. Bílé místo napravo je žaludek. Protože látka byla zvířeti podaná tzv. per os, tedy ústy, je její přítomnost v žaludku hodinu po obětování krysy v souladu s očekáváním.

Když jsem se naučila používat přístroje a obecně jsem věděla "jak na to", začala jsem pracovat na vývoji metody pro kvantifikaci pimonidazolu v tumorech z prsní tkáně. Pimonidazol je látka, která se používá k vědeckým účelům; označuje hypoxické místo nádoru. To znamená místo, kde není kyslík. Vzorky jsem si nechala poslat z AMOLFu.

Mimo spoustu praktické práce jsem se naučila i něco z teorie. Třeba některé další metody, které se pro kvantifikaci v imagingu používají. Je to na příklad metoda výpočtu supresivního faktoru tkáně. Každá tkáň a každý orgán (dokonce každé zvíře zvlášť) může totiž v různé míře ovlivnit, jaký signál bude sloučenina v přístroji poskytovat. Tato suprese (omezení, potlačení) je hlavním zdrojem nepřesnosti v MSI kvantifikace. Byla jsem se také podívat na zhotovování řezů z celých myšek.

Jedno odpoledne jsem strávila prohlídkou Novartis kampusu; průvodcem mi byl sám Markus. Zdá se, že na kampusu je skoro stejné množství zajímavé architektury jako vědy. Markus uměl o všem velmi pěkně vyprávět a bylo vidět, že si to průvodcovství užívá. Bohužel jsem s sebou neměla foťák, ale našla jsem odkaz, na němž si můžete udělat vlastní virtuální tour po kampusu. Další fotografie pak naleznete zde. A pokud umíte obstojně anglicky, můžete si přečíst článek o asi nejzajímavější budově na kampusu. Osobně jsem jí říkala diamantová stavba.

Dva týdny utekly velmi rychle, jak se ostatně stává, když toho máte hodně na práci. Jsem teď zase zpátky v AMOLFu a těším se na pár dní domů na Vánoce. V přiložené fotogalerii je i pár fotek z Basileje.

Líbil se Vám článek? Můžete jej sdílet:
  
Avatar Lw
29. Červenec 2018, 17:06 (č. 146)Lw

Tak tohle bylo velmi zajímavé počtení! Psala jsi někde i o svojí práci s LC-MS?

Začátek komentářůPřidejte svůj komentář
Pokud jste registrovným uživatelem, prosím, přihlašte se. Děkuji.

Nick:
(zobrazuje se a je povinný)
Email:

}-( {beer} :-] %-/ {blush} {bomb} B-) :,-( {devil} 8-p :-/ :-D {happy} {inlove} :-* :*-) {kissing} {laughing} {music} x-. :-| {rolleyes} {rose} :-( 8-O :-o :-¤ =] |-| :-) :-x {bye} :-B {thumbdown} {thumbup} :-P °-/ !-/ :-[ :-Q O-)
Před odesláním ještě opište správně tento kontrolní kód *:
ΚΑROLΙΝΑS.ΝΕΤ »
HTML tagy a skripty budou odstraněny, proto je nevkládejte!
Url adresy budou automaticky přeloženy na klikací odkazy s názvem LINK. Případné odkazy vždy vkládej v absolutním formátu. Tedy s http:// na začátku.
Informace pro spammery: Do odkazu je přidáván atribut rel="nofollow" pro znemožnění dědění ranků!
 




Instagram